El MID tiene su origen en un desprendimiento la Unión Cívica Radical Intransigente (UCRI). En 1956 la Unión Cívica Radical se dividió en dos: la Unión Cívica Radical Intransigente, presidida por Arturo Frondizi y la Unión Cívica Radical del Pueblo presidida por Ricardo Balbín. Ese mismo año, Arturo Frondizi, que se desempeñaba como presidente de la UCR, había entablado una estrecha relación con Rogelio Frigerio, quién promovía una versión crítica del desarrollismo, una nueva teoría económica creada por los economistas de la CEPAL. Al igual que la CEPAL, Frigerio adhería a la necesidad de contar con una sólida política industrialista, pero a diferencia del organismo de las Naciones Unidas, Frigerio hacía hincapié en la necesidad de recurrir a las empresas multinacionales y la inversión extranjera directa para desarrollar industrias de base: siderurgia, petroquímica, fabricación de automóviles y sobre todo, hidrocarburos.

En 1958, Frondizi resultó elegido presidente debido a una alianza de la UCRI con el peronismo concretada en un pacto secreto entre aquel y Perón, promovido por Frigerio. Desde un comienzo la política económica de Frondizi estuvo plenamente influida por el desarrollismo y las ideas de Frigerio, lo que produjo dos corrientes dentro de la UCRI: aquella que continuaba sosteniendo la Declaración de Avellaneda, definido en 1945 por la corriente intransigente de la UCR, y aquellos que adherían a las nuevas ideas desarrollistas, definidas por Frigerio y llevadas a la política económica por Frondizi.

Inicialmente la UCRI se mantuvo unida porque, la condición de presidente de la Nación de Frondizi imponía la unidad alrededor de las ideas desarrollistas. Pero luego del golpe de estado que derrocó a Frondizi, ambos grupos tomaron distancia, y la ruptura fue inevitable.

En 1963, los adherentes a las ideas desarrollistas dentro de la UCRI, encabezados por Arturo Frondizi y Rogelio Frigerio se separaron de la UCRI y fundaron el Movimiento de Integración y Desarrollo.

En las elecciones presidenciales de 1989 el MID formó parte de la alianza que llevó al poder a Carlos Menem, ocupando siempre un ministerio durante el primer mandato de aquél, entre 1989 y 1995. Primero fue Antonio Salonia ministro de educación y luego fue Oscar Camillion ministro de defensa.